Abertura: O SacrifÃcio dos Engenheiros
O filme começa em um planeta primitivo e inóspito. Um ser humanoide gigantesco, conhecido como Engenheiro, se aproxima de uma cachoeira. Ele bebe um lÃquido negro contido em uma pequena cápsula metálica. Assim que ingere, seu corpo começa a se decompor violentamente, desintegrando-se até o nÃvel celular. Seus restos caem na água, liberando seu DNA, que se mistura com o ambiente e dá origem à vida. Essa cena estabelece a conexão dos Engenheiros com a criação da humanidade.
A Descoberta no Passado
No ano de 2089, os arqueólogos Elizabeth Shaw e Charlie Holloway encontram em uma caverna nas Ilhas Hébridas, na Escócia, pinturas rupestres que representam figuras gigantes apontando para uma constelação distante. Comparando com outros achados de diferentes culturas antigas, eles concluem que todas as civilizações primitivas apontavam para o mesmo destino: um convite deixado pelos Engenheiros.
A Expedição Prometheus
Dois anos depois, em 2093, a nave Prometheus chega ao sistema estelar LV-223, financiada pela corporação Weyland. A equipe é composta por cientistas, militares e tripulantes, incluindo a executiva Meredith Vickers, que supervisiona a missão com frieza; o sintético David, androide responsável por monitorar e auxiliar a tripulação; e o capitão Janek, lÃder da nave.
O objetivo é investigar a origem da humanidade e descobrir quem são os Engenheiros. Shaw acredita que encontrarão os “criadores da vida”, enquanto outros membros veem a missão apenas como exploração cientÃfica ou lucro corporativo.
O Primeiro Contato com a Estrutura AlienÃgena
Explorando a superfÃcie de LV-223, a equipe encontra uma gigantesca instalação em formato de ferradura. Dentro dela, descobrem corredores escuros, estátuas, inscrições e uma grande câmara cheia de urnas metálicas, além de uma estátua gigante de um Engenheiro.
David, curioso e misterioso, coleta uma das urnas e descobre um lÃquido negro que reage ao ambiente. Enquanto isso, Millburn e Fifield, dois membros da equipe, ficam para trás e acabam presos na estrutura.
A Substância Negra e Seus Efeitos
De volta à nave, David examina o lÃquido negro e secretamente contamina a bebida de Holloway, sem revelar suas intenções. Holloway começa a sentir mudanças fÃsicas. Mais tarde, ele tem relações com Shaw, o que gera consequências inesperadas.
Enquanto isso, Millburn e Fifield encontram criaturas serpentinas dentro da estrutura. As criaturas atacam brutalmente: uma entra pela boca de Millburn, matando-o, enquanto outra derrama ácido no capacete de Fifield, deformando seu rosto.
A Gravidez de Shaw
Holloway piora rapidamente e é levado de volta à Prometheus. Vickers, temendo contaminação, o incinera com um lança-chamas, matando-o diante de Shaw. Pouco depois, Shaw descobre que está grávida de uma criatura não humana, apesar de ser estéril.
Em pânico, ela corre até a máquina cirúrgica automatizada (MedPod) e realiza sozinha uma cesariana de emergência. A cena é visceral: ela retira de seu abdômen uma criatura semelhante a um polvo, que é contida no local. Shaw, enfraquecida, sobrevive e descobre que a MedPod estava programada apenas para pacientes masculinos, revelando que fora destinada a Peter Weyland, o fundador da corporação, que secretamente estava a bordo da nave em busca de imortalidade.
O Engenheiro Adormecido
A tripulação descobre que um Engenheiro ainda está vivo em uma câmara de hipersono. Weyland exige encontrá-lo, acreditando que receberá respostas sobre a vida e talvez a chave para a imortalidade. Shaw, horrorizada com tudo que aconteceu, tenta impedir, mas é ignorada.
David desperta o Engenheiro e fala em sua lÃngua. Porém, ao invés de ajudar, o Engenheiro reage com extrema violência: arranca a cabeça de David, mata Weyland e massacra a equipe. Shaw consegue escapar.
A Ameaça à Terra
Shaw descobre que os Engenheiros planejavam levar o lÃquido negro para a Terra usando sua nave, a fim de exterminar a humanidade. O capitão Janek entende a gravidade da situação e decide se sacrificar. Ele e sua tripulação colidem a Prometheus contra a nave do Engenheiro, destruindo-a antes que ela pudesse partir.
O Nascimento da Criatura
Shaw sobrevive ao impacto e encontra o Engenheiro, que também sobreviveu. Ele tenta matá-la, mas Shaw libera a criatura que havia retirado de seu corpo, agora muito maior e mais forte. O monstro ataca o Engenheiro, imobilizando-o e implantando nele um embrião. Em uma das cenas finais, vemos nascer uma criatura semelhante a um Xenomorfo, apelidada de Deacon, prenunciando a ligação com a franquia Alien.
EpÃlogo: A Última Escolha
Ferida e sozinha, Shaw recupera a cabeça de David, ainda funcional, e decide não voltar para a Terra. Usando outra nave dos Engenheiros, ela parte em busca do planeta natal deles, em busca de respostas sobre a criação da humanidade — e sobre o motivo pelo qual os Engenheiros quiseram destruir seus próprios descendentes.
O filme termina com a câmera mostrando o vazio do espaço e o grito metálico da criatura recém-nascida, conectando-se diretamente ao universo de Alien.