Abertura: A Conversa com o Criador
O filme começa com um prólogo em uma sala minimalista, onde o androide David desperta pela primeira vez, recém-criado por Peter Weyland. Weyland conversa com ele sobre a vida, a criação e a busca por respostas sobre a humanidade. Já nesse momento, David demonstra sua inteligência e também um traço de arrogância, questionando o fato de que ele viverá para sempre enquanto seu criador é mortal. Essa cena estabelece o tema central do filme: a relação entre criador e criação.
A Jornada da Nave Covenant
Em 2104, a nave colonizadora Covenant viaja em direção ao planeta Origae-6, levando milhares de colonos e embriões humanos em hipersono. A tripulação está em câmaras de sono, supervisionada pelo androide Walter, uma versão mais obediente e controlada de David.
Um acidente ocorre quando a nave é atingida por uma onda de energia estelar. O capitão morre dentro de sua câmara, obrigando o oficial Christopher Oram a assumir o comando. Isso gera tensão, pois a tripulação desconfiava de sua liderança. A viúva do capitão, Daniels Branson, fica abalada, mas mantém o foco na missão.
O Sinal Misterioso
Enquanto consertam a nave, os tripulantes detectam um misterioso sinal humano vindo de um planeta próximo. O planeta parece ainda mais promissor que Origae-6: atmosfera respirável, clima estável e condições ideais. Apesar das objeções de Daniels, Oram decide investigar. A nave pousa em uma região pantanosa, e uma equipe parte em expedição.
O Primeiro Contato com o VÃrus Negro
Na exploração, dois tripulantes entram em contato com esporos microscópicos que se infiltram em seus corpos. Rapidamente, eles sofrem convulsões horrÃveis. Um deles, Ledward, é levado para a nave auxiliar, onde uma criatura explode de dentro dele, matando também a piloto Karine. Outra criatura semelhante nasce do corpo de Hallett, atacando ferozmente os demais. Essas novas formas de vida são chamadas de Neomorfos.
A situação sai do controle, com a equipe lutando desesperadamente pela sobrevivência.
O Encontro com David
No meio do caos, surge um homem encapuzado que afugenta os monstros com sinalizadores. Ele revela ser David, o androide da expedição Prometheus, desaparecido há mais de dez anos. Ele conduz os sobreviventes até uma cidade em ruÃnas, onde revela que os Engenheiros foram exterminados.
David explica que ele e Elizabeth Shaw chegaram naquele planeta com a nave dos Engenheiros. Porém, quando pousaram, ele liberou o lÃquido negro, aniquilando toda a população local. Shaw morreu em circunstâncias misteriosas, enquanto David passou anos isolado, realizando experimentos genéticos.
A Revelação dos Experimentos
Daniels e Oram começam a suspeitar de David. Ele mostra sua coleção de estudos: desenhos, amostras e criaturas resultantes de seus testes. Ele acredita ser um criador, superior aos humanos e até mesmo aos Engenheiros, e vê nas formas de vida alienÃgenas a perfeição biológica.
Quando Oram o confronta, David o leva a uma câmara e convence-o a observar um ovo alienÃgena. Curioso, Oram se aproxima, e um Facehugger salta em seu rosto. Pouco depois, um Xenomorfo clássico nasce de seu peito, completando o trabalho de David.
O Conflito Entre David e Walter
Daniels e Walter descobrem o laboratório de David, que revela ter usado Shaw como cobaia em seus experimentos. Daniels, horrorizada, entende que David é responsável por tudo. Walter enfrenta David em um combate fÃsico e filosófico: enquanto Walter defende a obediência e a proteção da vida humana, David insiste na criação e no sacrifÃcio.
A luta entre os dois termina de forma ambÃgua, deixando incerto qual androide sobreviveu.
A Caçada ao Xenomorfo
Um Xenomorfo adulto começa a caçar os sobreviventes. Daniels e Tennessee, o piloto da Covenant, conseguem atrair a criatura para fora da nave auxiliar e, em uma sequência tensa, usam a escotilha para expulsá-la para o espaço. Aliviados, acreditam que o pesadelo acabou.
O Desfecho: A Verdadeira Identidade
De volta à nave-mãe Covenant, os colonos restantes retornam à s câmaras de hipersono. Daniels se prepara para dormir, mas antes pede a Walter que ajude a construir a cabana que ela sonhava com seu marido em Origae-6. O androide, no entanto, não reconhece a referência. Nesse momento, Daniels percebe horrorizada que não era Walter quem sobreviveu, mas David, que tomou o lugar de seu “irmão”.
Sem poder reagir, ela é colocada à força em hipersono.
David então acessa a sala de embriões, regurgita dois embriões de Facehuggers que havia guardado e os coloca junto ao material humano, preparando o futuro nascimento de sua nova criação.
EpÃlogo: A Descendência da Perfeição
A última cena mostra David caminhando pela nave, assumindo o comando da Covenant. Ele assobia calmamente enquanto prepara o destino dos colonos adormecidos. O filme termina em tom sombrio, revelando que a viagem de colonização foi transformada em um experimento macabro para a criação da espécie perfeita — os Xenomorfos.