Abertura: O Encontro na Escola
O filme começa em Coolsville, quando Norville “Salsicha” Rogers, um estudante atrapalhado, conhece por acaso um filhote de cachorro falante, Scooby-Doo. A amizade entre os dois surge de imediato. Pouco depois, ambos acabam envolvidos em uma confusão no ônibus escolar, onde também estão Daphne Blake, Fred Jones e Velma Dinkley. No início, eles não se dão bem: Fred é o atleta popular, Daphne a jovem rica e mimada, e Velma a inteligente isolada. Mas quando um ataque misterioso assombra a escola, o destino dos cinco começa a se unir.
O Fantasma na Escola
Durante uma noite, a escola é atacada por um fantasma que deixa rastros de gosma verde e provoca pânico entre os alunos. O diretor Radley começa a investigar, mas rapidamente a suspeita cai sobre Salsicha e Scooby, já que estavam no local na hora do ocorrido. Para limpar seus nomes, o grupo se vê obrigado a se juntar e investigar quem está por trás das aparições.
A Formação da Equipe
Mesmo a contragosto, Fred, Daphne, Velma, Salsicha e Scooby formam uma equipe improvisada para seguir as pistas. Cada um mostra suas habilidades: Velma com sua inteligência e conhecimento científico, Daphne com sua curiosidade e intuição, Fred com a liderança, e Salsicha e Scooby com sorte misturada a trapalhadas. O grupo começa a perceber que há algo muito maior acontecendo dentro da escola.
A Primeira Pista: O Baú Misterioso
Na biblioteca, Velma encontra registros antigos sobre a escola e descobre a existência de um baú trancado, guardado há décadas. O objeto estaria ligado a uma antiga sociedade secreta e a forças sobrenaturais. Pouco depois, eles veem novamente o fantasma atacando e percebem que ele está atrás do baú. A investigação os leva até os túneis subterrâneos da escola.
O Confronto com o Fantasma
Nos túneis, eles têm o primeiro confronto real com o fantasma. Salsicha e Scooby, como sempre, ficam apavorados, mas acabam sem querer encurralando a criatura. O grupo escapa por pouco, mas descobre mais detalhes: o fantasma parece estar ligado a uma energia sobrenatural antiga da escola, possivelmente despertada por alguém que sabe manipular o oculto.
Conflitos no Grupo
O convívio forçado gera brigas: Fred desconfia da lealdade de Salsicha, Daphne acha que Velma é mandona demais, e Scooby teme que sua amizade com Salsicha esteja em risco. No entanto, as dificuldades começam a mostrar que eles funcionam bem como equipe, cada um compensando as falhas do outro.
O Baile Escolar
Durante o baile da escola, o fantasma reaparece e causa um grande caos, colocando todos em perigo. O grupo atua junto para salvar os colegas, mas mais uma vez são responsabilizados pelo ataque. Agora, precisam resolver o mistério de vez para limpar seus nomes.
A Grande Revelação
Velma descobre que o fantasma é, na verdade, o espírito de um antigo aluno da escola, que foi expulso injustamente. A entidade havia sido libertada por meio do baú, e alguém atual estava tentando usar seu poder para objetivos obscuros. O responsável por reativar o fantasma se revela ser o próprio diretor Radley, que planejava se aproveitar da energia sobrenatural para seus próprios fins.
O Plano Final
O grupo bola um plano: atrair o fantasma para uma armadilha, usando Scooby e Salsicha como isca. Apesar das trapalhadas, a ideia funciona, e o espírito é sugado de volta para dentro do baú. O diretor Radley é desmascarado e preso pelas autoridades, enquanto a escola volta à normalidade.
A Fundação da Mistério S/A
Após o sucesso, o grupo percebe que formou uma verdadeira amizade. Daphne, Velma, Fred, Salsicha e Scooby decidem continuar investigando mistérios juntos. Eles pintam a van que Salsicha havia herdado, transformando-a na famosa Máquina do Mistério. Assim, nasce oficialmente a equipe Mistério S/A (Mystery Inc.).
Encerramento
O filme termina com os cinco juntos, prontos para novas aventuras, enquanto Scooby grita seu bordão clássico: “Scooby-Doo-Bidu!”, deixando claro que o grupo está apenas no começo de suas histórias.