Abertura: O Ataque à Casa Branca
O filme começa em Washington, D.C., quando o mutante Noturno (Kurt Wagner) invade a Casa Branca. Usando seu poder de teletransporte, ele atravessa seguranças com agilidade impressionante, deixando-os confusos e incapazes de reagir. Ele chega até o Salão Oval e quase assassina o presidente dos Estados Unidos com uma adaga, mas é impedido no último segundo. Após deixar uma mensagem misteriosa, Noturno desaparece, dando inÃcio a uma crise nacional sobre os mutantes.
Conflito PolÃtico: A Ascensão de William Stryker
O ataque gera medo e desconfiança contra os mutantes. O coronel William Stryker, um militar que já realizou experimentos em mutantes, convence o presidente de que eles são uma ameaça e deve agir com força. Stryker consegue autorização para invadir a Mansão Xavier, sede dos X-Men, e capturar seus moradores.
Enquanto isso, o Professor Charles Xavier visita Erik Lensherr, o Magneto, na prisão de plástico. Xavier busca informações sobre o ataque, mas Magneto não revela nada. Porém, vemos que Stryker possui um poder sobre Magneto, resultado de interrogatórios anteriores.
Reencontro de Wolverine
Logan/Wolverine retorna à Mansão Xavier após buscar pistas de seu passado. Ele se reencontra com os jovens mutantes Vampira (Rogue), Homem de Gelo (Bobby Drake) e Lince Negra (Kitty Pryde). Logan continua atormentado por memórias fragmentadas de experiências em laboratório, sem saber que Stryker é diretamente responsável por seu passado.
A Invasão à Mansão Xavier
Em uma das cenas mais intensas do filme, as forças de Stryker invadem a Mansão Xavier à noite. Os soldados capturam vários estudantes mutantes. Alguns conseguem escapar, incluindo Vampira, Homem de Gelo e Lince Negra, que são ajudados por Logan. Colossus também aparece, defendendo os mais jovens. Muitos, porém, são sequestrados.
Durante o ataque, Logan luta ferozmente, revelando sua fúria animal. O Professor Xavier e Ciclope (Scott Summers) já haviam sido sequestrados por Stryker anteriormente, deixando a equipe ainda mais fragilizada.
Aliança Improvável: X-Men e Irmandade
Após a invasão, os X-Men percebem que sozinhos não conseguirão deter Stryker. Surge então uma improvável aliança: Tempestade (Ororo Munroe) e Jean Grey unem forças com Magneto e MÃstica, que conseguem escapar da prisão. Apesar da desconfiança, ambos os grupos têm um inimigo comum. Magneto revela que Stryker tem um plano para usar Cerebro – a máquina que amplifica os poderes telepáticos de Xavier – para exterminar todos os mutantes do planeta.
A Fuga dos Jovens Mutantes
Enquanto os adultos se organizam, os jovens mutantes Vampira, Homem de Gelo e Pyro seguem com Logan. Eles buscam abrigo na casa da famÃlia de Bobby Drake. Lá, a mãe de Bobby descobre que o filho é mutante, e o clima de tensão explode. Quando a polÃcia chega, Pyro perde o controle e ataca com suas chamas, ferindo os oficiais. É um momento crucial que mostra como os jovens mutantes também enfrentam preconceito e medo.
A Base de Stryker
Os X-Men descobrem que Stryker está operando em uma base militar escondida no Alkali Lake, no Canadá – o mesmo lugar ligado ao passado de Logan. Lá, Xavier está sendo manipulado com ajuda do filho de Stryker, Jason, um mutante com poderes de ilusão mental. Sob o efeito das ilusões, Xavier é induzido a usar Cerebro para matar todos os mutantes.
Ao mesmo tempo, Stryker revela a Wolverine que foi ele quem o submeteu ao projeto Arma X, implantando adamantium em seu esqueleto. Isso aprofunda ainda mais o conflito pessoal de Logan.
A Batalha em Alkali Lake
Os X-Men, junto com Magneto e MÃstica, invadem a base. Várias batalhas acontecem: Logan enfrenta a assassina mutante Dama Mortal (Lady Deathstrike), em um combate brutal que termina quando ele a mata injetando adamantium lÃquido em seu corpo.
Jean Grey e Tempestade lutam contra guardas enquanto tentam libertar os prisioneiros. Pyro, seduzido pelas palavras de Magneto, começa a questionar sua lealdade. Magneto, por sua vez, trai os X-Men ao manipular Cerebro para que Xavier mate os humanos, e não os mutantes, revelando que sua verdadeira motivação continua sendo a supremacia mutante.
O SacrifÃcio de Jean Grey
A batalha culmina quando a base começa a desmoronar. O lago próximo ameaça inundar todo o complexo. Os X-Men conseguem resgatar Xavier e impedir a catástrofe planejada por Stryker. Eles fogem em seu jato, o X-Jato, mas o veÃculo fica preso.
Jean Grey, percebendo que não há outra saÃda, decide sacrificar-se. Ela sai da nave, cria uma barreira telecinética para conter a água e ergue o jato para que seus amigos escapem. Em seus últimos momentos, Jean se despede mentalmente de Scott e Logan, antes de ser consumida pela onda. O sacrifÃcio da heroÃna deixa todos devastados.
Desfecho: A Nova Ameaça
O presidente, já salvo, é surpreendido pela visita dos X-Men, que revelam a manipulação de Stryker e pedem uma chance de paz entre mutantes e humanos. Porém, o clima de tensão permanece.
Enquanto isso, no lago Alkali, uma forma misteriosa começa a brilhar sob a água, sugerindo o retorno de Jean Grey em uma nova e poderosa forma: a Fênix.
O filme encerra com esse prenúncio sombrio, preparando terreno para o próximo capÃtulo da saga.
