Abertura: A Vida nas Sombras
As Tartarugas Ninja — Leonardo, Raphael, Donatello e Michelangelo — continuam vivendo escondidas nos esgotos de Nova York, mantendo o pacto de não se revelarem ao público. A cidade acredita que foi Vernon Fenwick quem derrotou Destruidor, após assumir o crédito dado pelas Tartarugas. Ele agora é tratado como herói pela mÃdia, enquanto os verdadeiros salvadores permanecem invisÃveis.
Os irmãos assistem a um jogo no Madison Square Garden, infiltrados entre as engrenagens do estádio, e Michelangelo, sempre brincalhão, quase é descoberto, mostrando a dificuldade que eles têm em equilibrar anonimato e desejo de reconhecimento.
A Fuga de Destruidor
Enquanto isso, Destruidor é transferido da prisão em um comboio fortemente escoltado pela polÃcia. O plano de transporte envolve o Capitão de PolÃcia e reforços especiais. April O’Neil (Megan Fox) investiga o caso e descobre que algo estranho está por vir.
As Tartarugas, percebendo o perigo, decidem agir em segredo para impedir que ele fuja. No caminho, o comboio é atacado por dois criminosos recrutados por Baxter Stockman (Tyler Perry), um cientista brilhante mas obcecado por fama: Bebop e Rocksteady. A perseguição culmina em uma caótica batalha nas ruas e em uma estrada movimentada.
No auge da confusão, um portal interdimensional se abre, manipulando espaço e tempo, e Destruidor é sugado por ele. As Tartarugas ficam sem entender o que ocorreu, mas descobrem que ele foi levado a outra dimensão.
Krang e o Plano do DomÃnio
Na outra dimensão, Destruidor encontra Krang, uma criatura alienÃgena de corpo gelatinoso que habita um traje robótico colossal. Krang revela que deseja trazer sua nave, o Tecnódromo, para a Terra, e para isso precisa de três artefatos antigos espalhados pelo planeta. Ele oferece uma aliança: se Destruidor reunir as peças, juntos poderão conquistar o mundo.
Destruidor aceita o acordo, disposto a finalmente derrotar as Tartarugas e dominar Nova York.
April, Casey Jones e a Nova Aliança
April O’Neil descobre que Baxter Stockman trabalha em segredo para libertar Destruidor e ajudar em seus planos. Em meio à s investigações, ela encontra provas do uso de uma substância púrpura, derivada da tecnologia de Krang, capaz de alterar o DNA. Ao tentar coletar amostras, é perseguida por Karai e seguranças.
Nesse momento, entra em cena Casey Jones (Stephen Amell), um policial novato designado para a transferência de Destruidor. Ele decide agir por conta própria, usando suas habilidades em artes marciais e sua paixão por hóquei. Com tacos e máscaras, ajuda April a escapar, mas acaba sendo visto como criminoso pelas autoridades.
As Tartarugas então se apresentam a Casey, e após desconfianças mútuas, ele aceita se unir ao grupo para deter Destruidor e seus aliados.
Bebop e Rocksteady: O Nascimento dos Mutantes
Destruidor recompensa a lealdade de Bebop e Rocksteady entregando-lhes a substância púrpura. Baxter Stockman realiza os experimentos, e os dois são transformados em mutantes poderosos: Bebop em um javali humanoide e Rocksteady em um rinoceronte gigante.
A dupla, agora com força bruta descomunal, é enviada para recuperar uma das peças do Tecnódromo escondida em um museu. As Tartarugas tentam impedir, mas a luta se torna desastrosa. Bebop e Rocksteady escapam, deixando claro que a ameaça cresceu para outro nÃvel.
Conflito Entre Irmãos
Com o avanço dos vilões, Donatello descobre que a substância púrpura pode, teoricamente, transformar as Tartarugas em humanos normais. Leonardo, lÃder disciplinado, decide que essa escolha não deve ser considerada, acreditando que seu dever é proteger a cidade como são. Raphael, impulsivo, discorda, sentindo-se frustrado por nunca poder viver à luz do dia.
A divisão interna cresce, ameaçando a união da equipe no momento em que precisam estar mais fortes. Michelangelo, no meio do conflito, tenta aliviar as tensões, mas também sofre por não poder ter uma vida comum.
A Caçada Global
As três peças do Tecnódromo estão espalhadas pelo mundo. Bebop e Rocksteady são enviados à floresta amazônica, onde está um dos artefatos. Em uma cena de ação grandiosa, eles usam um tanque para atravessar a selva, enfrentando as Tartarugas em uma perseguição explosiva. Apesar do esforço dos heróis, os vilões conseguem escapar com a peça.
Enquanto isso, Destruidor garante as demais partes e entrega tudo a Krang, que começa a ativar o portal interdimensional para trazer o Tecnódromo à Terra.
Krang Trai Destruidor
No momento do auge da aliança, quando Destruidor acredita que dominará o mundo ao lado de Krang, o alienÃgena revela sua verdadeira intenção: não dividir poder com ninguém. Krang congela Destruidor em sua própria tecnologia, prendendo-o e assumindo o controle total da invasão.
O Tecnódromo começa a se materializar no céu de Nova York, peça por peça, criando pânico na cidade.
A Batalha Final em Nova York
As Tartarugas, April, Casey e Vernon se unem na luta contra Krang. O plano envolve deter o portal e impedir que o Tecnódromo se monte completamente.
Casey enfrenta Bebop e Rocksteady em combates fÃsicos intensos, usando suas táticas de hóquei contra a força bruta dos mutantes. April e Vernon trabalham para expor as conspirações de Baxter Stockman e Karai, garantindo que a polÃcia apoie os heróis.
Enquanto isso, as Tartarugas invadem o núcleo do Tecnódromo. Leonardo lidera com estratégia, Raphael enfrenta a força de Krang, Donatello busca desativar o portal e Michelangelo, mesmo com medo, mostra coragem e improviso.
No clÃmax, eles conseguem coordenar suas forças, unindo os feixes de prótons de suas armas ninja tecnológicas para desativar o núcleo do Tecnódromo. Krang é derrotado e puxado de volta para sua dimensão, com o portal fechado.
Desfecho: Reconhecimento e União
Com a ameaça neutralizada, a cidade finalmente descobre a verdade sobre quem são os verdadeiros heróis. As Tartarugas recebem o reconhecimento público que sempre desejaram, mas escolhem continuar vivendo nas sombras, conscientes de que sua missão é proteger Nova York discretamente.
Leonardo e Raphael se reconciliam, entendendo que, apesar das diferenças, a força deles está na união como irmãos. Michelangelo celebra com seu humor caracterÃstico, e Donatello guarda amostras da substância púrpura para futuras pesquisas.
Casey Jones se junta oficialmente ao grupo como aliado, e April continua próxima das Tartarugas, consolidando o laço de amizade e confiança.