Abertura: Nova Ameaça em Nova York
O filme começa com uma sequência em Nova York mostrando o cotidiano da cidade e várias pessoas saboreando pizzas, reforçando o clima leve da franquia. Logo descobrimos que o Destruidor, aparentemente derrotado no final do primeiro filme, sobreviveu e ainda planeja sua vingança. Enquanto isso, as Tartarugas Ninja — Leonardo, Michelangelo, Donatello e Raphael — continuam vivendo escondidas, agora abrigadas no apartamento da repórter April O’Neil após a destruição de seu lar anterior.
O Retorno do Destruidor e o Pé
O Clã do Pé, ainda leal ao Destruidor, tenta se reorganizar. Um jovem chamado Keno, entregador de pizza e habilidoso nas artes marciais, acaba conhecendo as Tartarugas ao testemunhar uma tentativa de assalto que elas impedem. Ele rapidamente se torna aliado e demonstra admiração pelos heróis, embora Raphael inicialmente desconfie da presença de um humano envolvido em suas missões.
O Destruidor, por sua vez, começa a reconstruir seu exército, buscando novas formas de derrotar as Tartarugas. Para isso, ele descobre a existência de um misterioso ooze (gosma mutagênica) criado por cientistas da empresa TGRI, o mesmo que originou as Tartarugas no passado.
A Verdade Sobre o Ooze
As Tartarugas, investigando junto com April, ficam sabendo que o Dr. Jordan Perry, cientista-chefe da TGRI, tenta recolher e destruir os últimos contêineres do ooze, para evitar que caiam em mãos erradas. Donatello, em especial, fica abalado ao descobrir que sua origem não foi algo especial ou mÃstico, mas apenas fruto de um acidente quÃmico, o que gera uma crise pessoal de identidade.
Enquanto isso, o Destruidor consegue sequestrar o Dr. Perry e roubar um dos últimos contêineres de ooze.
O Nascimento de Tokka e Rahzar
Com o ooze em mãos, o Destruidor decide criar suas próprias criaturas mutantes. Ele usa um filhote de lobo e uma tartaruga snapping para dar vida a Tokka e Rahzar, dois monstros brutais, porém com inteligência infantil. Apesar de fortes o suficiente para enfrentar as Tartarugas, os novos mutantes não têm disciplina, o que irrita o vilão.
Tokka e Rahzar são soltos em Nova York e rapidamente causam destruição em massa, provando-se uma ameaça. As Tartarugas tentam contê-los, mas percebem que não têm força suficiente para derrotá-los diretamente.
O Confronto no Clube Noturno
As Tartarugas enfrentam Tokka e Rahzar em várias ocasiões, até que o combate culmina em um clube noturno. A cena é marcada por muito humor e até a participação especial do rapper Vanilla Ice, que improvisa a música “Ninja Rap” enquanto as Tartarugas lutam no palco, transformando a batalha em um espetáculo surreal.
Apesar do confronto, as Tartarugas percebem que os mutantes não são realmente maus, apenas manipulados pelo Destruidor.
O AntÃdoto e a Armadilha
O Dr. Perry consegue desenvolver um soro neutralizador para reverter parcialmente os efeitos do ooze em Tokka e Rahzar. No entanto, ele só pode ser administrado de forma disfarçada. Assim, as Tartarugas elaboram um plano para enganar os monstros, colocando o antÃdoto dentro de salsichas recheadas. Após uma luta confusa, Tokka e Rahzar ingerem a mistura e acabam voltando a formas menos perigosas, enfraquecendo-se.
Furioso com a falha de seu plano, o Destruidor decide enfrentar pessoalmente os heróis.
O Super Destruidor
Usando o último contêiner de ooze, o Destruidor se transforma em uma versão monstruosa e gigantesca de si mesmo, conhecido como Super Destruidor. Ele persegue as Tartarugas até um cais de construção, onde a batalha final acontece. Apesar de sua força colossal, a transformação o torna instável.
Durante o combate, as Tartarugas usam o ambiente ao seu favor, derrubando estruturas metálicas sobre ele. No fim, o Super Destruidor é soterrado e aparentemente destruÃdo.
Desfecho
Com a ameaça derrotada, Tokka e Rahzar voltam ao controle e são levados pelo Dr. Perry para um local seguro, sem mais riscos à cidade. Keno, mesmo desejando integrar o time, é lembrado de que o segredo da identidade das Tartarugas deve ser preservado, mas continua amigo próximo do grupo.
As Tartarugas, aliviadas, retornam ao lar de April, celebrando mais uma vitória com pizza e seu humor caracterÃstico. O filme encerra com os heróis reafirmando sua união e seu lema: “Cowabunga!”.