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Abertura: A Operação no Paquistão
O filme começa com uma missão dos G.I. Joes, a equipe de elite de operações secretas. Liderados por Duke (Channing Tatum), eles têm como principais aliados Roadblock (Dwayne Johnson), Lady Jaye (Adrianne Palicki) e Flint (D.J. Cotrona). O grupo é enviado ao Paquistão para recuperar ogivas nucleares após a queda do governo local. A operação é um sucesso, mostrando a eficiência da equipe, mas também deixa claro o clima tenso do cenário mundial.
Enquanto isso, em Washington, o presidente dos Estados Unidos (Jonathan Pryce) continua sob o controle secreto de Zartan (Arnold Vosloo), o mestre dos disfarces da organização Cobra, que se infiltrou e assumiu a identidade do presidente verdadeiro.
A Traição e o Massacre dos Joes
Pouco tempo depois, o “presidente” ordena uma missão de extração dos Joes em solo americano. Mas é uma armadilha: helicópteros e forças de ataque lançam uma ofensiva brutal contra o time. A base é destruída, e praticamente todos os soldados são mortos.
No massacre, Duke é assassinado em um ataque surpresa, deixando Roadblock arrasado. Os únicos sobreviventes do esquadrão são Roadblock, Lady Jaye e Flint, que fogem e passam a ser caçados como traidores do próprio governo que juraram proteger.
O Plano da Cobra
Zartan, disfarçado de presidente, manipula a política internacional. Ele prende os líderes mundiais em negociações de desarmamento nuclear, enquanto prepara o verdadeiro golpe: substituir o poder militar global pelo domínio absoluto da Cobra.
Enquanto isso, o ninja Storm Shadow (Byung-hun Lee), aliado de Cobra, ajuda a libertar Cobra Commander (Luke Bracey) da prisão subterrânea da ONU. O Comandante é restaurado ao poder e coloca em prática seu plano de dominação: usar armas orbitais chamadas “Projeto Zeus”, capazes de destruir cidades inteiras com energia cinética, sem necessidade de ogivas nucleares.
O Retorno de Snake Eyes e Jinx
Paralelamente, entra em cena Snake Eyes (Ray Park), o silencioso ninja aliado dos Joes, acompanhado de sua aprendiz Jinx (Élodie Yung). Eles recebem a missão de capturar Storm Shadow para que ele preste contas ao clã ninja Arashikage, já que foi acusado da morte do tio de Snake Eyes.
Em uma das cenas mais marcantes do filme, acontece a batalha nas montanhas nevadas do Himalaia, onde ninjas mascarados travam uma luta acrobática espetacular pendurados em cabos e penhascos. Snake Eyes e Jinx conseguem capturar Storm Shadow e levá-lo até o mestre Cego (RZA).
Durante o julgamento, Storm Shadow revela a verdade: ele não matou o mestre Arashikage, mas foi incriminado por Zartan. Percebendo a manipulação, ele decide se unir aos Joes para derrotar a Cobra.
A Resistência dos Sobreviventes
Enquanto isso, Roadblock, Lady Jaye e Flint tentam se reagrupar. Lady Jaye se infiltra em eventos oficiais para confirmar que o presidente foi substituído por um impostor. A suspeita se confirma quando ela descobre que o “presidente” não possui a mesma cicatriz que o verdadeiro.
Para enfrentar a Cobra, os sobreviventes procuram ajuda de uma lenda viva: General Joe Colton (Bruce Willis), o fundador da unidade G.I. Joe. Colton fornece armas, tecnologia e apoio estratégico, trazendo nova força à equipe.
O Confronto Global
Zartan, ainda disfarçado de presidente, convoca uma reunião de cúpula com os líderes mundiais, forçando-os a desarmar seus arsenais nucleares. Porém, assim que todos destroem suas armas, ele revela o “Projeto Zeus” e demonstra o poder ao destruir Londres com uma das armas orbitais. A cidade é aniquilada em segundos, provando que Cobra tem poder absoluto sobre o planeta.
Com o mundo em choque, Cobra Commander dá o ultimato: ou as nações se rendem, ou novas cidades serão destruídas.
A Batalha Final
Os G.I. Joes remanescentes lançam um ataque à base secreta de Cobra no Himalaia. Roadblock enfrenta o próprio Firefly (Ray Stevenson), mercenário especialista em explosivos e principal executor do plano de Cobra. Em uma luta brutal, Roadblock consegue derrotá-lo e redirecionar a arma orbital.
Enquanto isso, Snake Eyes e Storm Shadow trabalham juntos pela primeira vez, enfrentando os guardas de Cobra e garantindo que o Comandante seja impedido. No entanto, Cobra Commander consegue escapar, jurando vingança futura.
Zartan é finalmente desmascarado e morto por Storm Shadow, encerrando a farsa da presidência.
Desfecho: A Retaliação
Com Cobra derrotada e a verdade revelada, o verdadeiro presidente dos Estados Unidos é libertado. Os G.I. Joes são novamente reconhecidos como heróis nacionais, embora o sacrifício de Duke continue pesando no grupo.
No encerramento, o general Colton entrega a medalha de honra a Roadblock, reconhecendo sua liderança na batalha. Roadblock, Flint, Lady Jaye, Snake Eyes, Jinx e Storm Shadow se reúnem para homenagear Duke e reafirmar o compromisso de manter o mundo seguro contra futuras ameaças.
