Abertura: O Resgate no Trem
O filme começa com Thomas, Newt, Minho, Brenda e Vince em uma missão ousada: interceptar um trem de transporte da organização CRUEL (C.R.U.E.L. no Brasil). O objetivo é resgatar Minho, que foi capturado no filme anterior. A cena traz uma perseguição intensa, com o grupo usando veÃculos para parar o trem em movimento. Eles conseguem libertar vários garotos aprisionados, mas descobrem que Minho não estava entre eles. A frustração de Thomas se torna o motor da narrativa.
O Refúgio dos Rebeldes
O grupo retorna ao esconderijo dos rebeldes, onde se encontram com Teresa, agora considerada uma traidora por ter ajudado a CRUEL antes. Enquanto isso, vemos Minho sendo levado para a cidade controlada pela CRUEL, sofrendo testes brutais e torturas fÃsicas e psicológicas. A organização busca uma cura para o Fulgor, a doença mortal que transforma humanos em criaturas selvagens chamadas de Cranks.
O Plano de Invasão
Thomas, determinado a resgatar Minho, decide que não pode mais fugir. Ele planeja invadir a cidade controlada pela CRUEL, o último centro humano protegido contra o Fulgor. Apesar da relutância de Vince, ele parte junto de Newt, Brenda e Jorge. O filme dá mais peso à relação entre Thomas e Newt, mostrando o quanto a amizade deles é central para a história.
A Chegada à Cidade
O grupo consegue se infiltrar na cidade murada, um local futurista e luxuoso em contraste com o mundo devastado lá fora. Ali eles encontram Gally, que todos acreditavam estar morto desde o primeiro filme. Gally sobreviveu e agora luta contra a CRUEL. Apesar da desconfiança inicial, ele se une ao grupo e oferece sua ajuda para encontrar Minho.
O Segredo de Newt
Durante a jornada, Newt revela a Thomas que está infectado pelo Fulgor. Esse momento é carregado de emoção, pois Newt entrega uma carta para Thomas, pedindo que, caso chegue a hora, seu amigo acabe com seu sofrimento. O peso dramático desse pedido permeia toda a segunda metade do filme.
Infiltração no Quartel da CRUEL
Com a ajuda de Gally, o grupo consegue invadir o prédio central da CRUEL, onde Minho está preso. Eles enfrentam guardas armados, sistemas de segurança e laboratórios repletos de jovens sendo usados em experimentos. Thomas finalmente reencontra Minho, que está enfraquecido e traumatizado, mas ainda vivo. O resgate gera uma fuga alucinante pelos corredores da instalação.
Teresa e a Verdade Sobre a Cura
Enquanto isso, Teresa avança em suas pesquisas e descobre que o sangue de Thomas possui a chave definitiva para a cura do Fulgor. Ela acredita que, com a cooperação dele, poderia salvar milhões de pessoas. No entanto, Thomas desconfia da CRUEL e não aceita se sacrificar, acreditando que a organização usará a cura de forma autoritária e seletiva.
A Queda da Cidade
Os rebeldes iniciam um ataque em larga escala contra a cidade. Explosões abalam os muros e hordas de Cranks invadem, espalhando caos. O confronto entre soldados da CRUEL e rebeldes transforma as ruas em um campo de batalha. Durante a confusão, Newt começa a perder o controle por causa da infecção e ataca Thomas em um momento trágico. Mesmo tentando resistir, Newt implora para que Thomas o mate antes que ele se torne um monstro por completo. Com o coração partido, Thomas atende ao pedido, encerrando a vida de seu amigo.
O SacrifÃcio de Teresa
No clÃmax, Thomas invade os laboratórios para destruir a CRUEL de vez. Teresa, no entanto, o captura e insiste que ele deve permitir que ela use seu sangue para sintetizar a cura. Durante a batalha final contra Ava Paige e os agentes da CRUEL, a instalação começa a ruir. Thomas e Teresa escapam para o telhado, mas são encurralados por Janson, um dos vilões da organização.
Após uma luta intensa, Janson é morto, mas o prédio começa a desmoronar. Teresa ajuda Thomas a escapar, sacrificando-se no processo. Ela cai junto com a estrutura, morrendo diante dos olhos dele.
O Novo Recomeço
Com a cidade em ruÃnas e a CRUEL destruÃda, os sobreviventes embarcam em navios para encontrar um lugar seguro. Thomas, devastado pelas perdas de Newt e Teresa, lê a carta deixada por Newt. Na mensagem, seu amigo o agradece pela amizade e pede que ele siga em frente e encontre paz.
O filme termina com Thomas e os sobreviventes chegando a uma ilha isolada, onde começam uma nova vida. Thomas guarda consigo uma pequena cápsula contendo a última esperança de uma cura para o Fulgor, simbolizando tanto a responsabilidade quanto a esperança de um futuro melhor.