Abertura: A Patrulha na Fronteira
O filme começa no deserto, na fronteira dos Estados Unidos com o México. Agentes da imigração param um grupo de imigrantes ilegais. Entre eles, um ser alienÃgena disfarçado é descoberto. Nesse momento, surge o agente K (Tommy Lee Jones), membro da organização secreta Homens de Preto, acompanhado de seu parceiro mais velho, D.
K revela a identidade alienÃgena de um dos imigrantes e o elimina quando ele se torna hostil. Em seguida, K percebe que D está velho e cansado do trabalho, sugerindo sua aposentadoria. Essa cena inicial apresenta ao público que a Terra é constantemente visitada por alienÃgenas e que os Homens de Preto são responsáveis por manter isso em segredo da população.
O Policial Determinado
Em Nova York, o policial James Edwards (Will Smith) persegue um criminoso que demonstra habilidades sobre-humanas. Durante a perseguição até o topo de um prédio, o homem revela olhos estranhos antes de se jogar e desaparecer misteriosamente. Edwards tenta explicar o ocorrido para seus superiores, mas ninguém acredita nele.
K, que vinha investigando a situação, percebe o potencial do jovem policial e o recruta para conhecer a agência secreta MIB – Homens de Preto, responsável por monitorar a atividade extraterrestre na Terra.
A Agência Secreta
Edwards é levado até a sede dos Homens de Preto, localizada em Manhattan, sob disfarce de uma empresa genérica. Lá, ele descobre um mundo oculto: centenas de alienÃgenas vivendo disfarçados na Terra, muitos deles famosos. O chefe da organização é Zed (Rip Torn), que apresenta a Edwards a rotina da agência.
Após ser submetido a testes psicológicos e fÃsicos, Edwards é aprovado e recebe a oferta de se juntar à organização. Ao aceitar, ele é obrigado a apagar sua identidade civil. O policial James Edwards deixa de existir, dando lugar ao agente J.
A Chegada do Inseto
Enquanto isso, em uma fazenda, um objeto alienÃgena cai do céu. O fazendeiro Edgar vai investigar, mas é atacado por uma criatura insetoide gigante que toma sua pele como disfarce. Agora, o alienÃgena é conhecido como o Inseto (ou “Bug”), vivendo dentro do corpo deteriorado de Edgar (Vincent D’Onofrio).
O Inseto está em busca de uma poderosa fonte de energia conhecida como a Galáxia, um objeto minúsculo mas de imenso poder, escondido na Terra.
A Investigação
K e J começam a investigar as mortes estranhas de dois alienÃgenas pertencentes a facções rivais: os Arquilianos e os Bugs. Descobre-se que a Galáxia está em posse de um alienÃgena disfarçado de joalheiro, dono de um gato chamado Orion.
O Inseto mata o alienÃgena e vai atrás do gato, que guarda a Galáxia em seu colar. Essa ação coloca a Terra em risco, pois os Arquilianos ameaçam destruir o planeta caso o artefato não seja devolvido.
A Médica Legista
Durante a investigação, J conhece a médica legista Dra. Laurel Weaver (Linda Fiorentino), que trabalha no necrotério e entra em contato com diversos corpos alienÃgenas. Apesar da tentativa dos Homens de Preto de apagar sua memória, Laurel demonstra grande interesse e começa a se aproximar da dupla.
O Prazo Final
Os Arquilianos enviam uma mensagem clara: ou a Galáxia é devolvida em poucas horas, ou eles destruirão a Terra. K e J intensificam sua busca e percebem que o objeto está preso ao colar do gato Orion, que o Inseto tenta roubar.
O vilão sequestra a Dra. Laurel e leva o gato com ele até o World’s Fair, no Queens, onde pretende escapar da Terra usando uma nave disfarçada de atração abandonada.
A Batalha Final
K e J perseguem o Inseto até o parque. Em uma cena de ação intensa, a criatura abandona completamente o disfarce humano, revelando sua forma original: um inseto gigante e grotesco.
Durante o combate, K deixa-se ser engolido pela criatura, distraindo-a, enquanto J enfrenta o monstro do lado de fora. Com coragem e improviso, J consegue atrasar o alienÃgena até que K, de dentro do corpo do Inseto, atira e o mata, explodindo-o de dentro para fora.
A Dra. Laurel prova ser fundamental ao ajudar durante o confronto, o que chama a atenção da agência.
O Legado e a Nova Dupla
Após a missão, K decide que é hora de se aposentar de vez. Ele pede para ter sua memória apagada, voltando a viver como um homem comum, acreditando ter passado todos esses anos em coma e finalmente acordado.
A Dra. Laurel é então recrutada para o MIB e assume a identidade de agente L, tornando-se a nova parceira de J.
O filme termina com J e L já em ação, mostrando que a luta para proteger a Terra do conhecimento alienÃgena está longe de acabar.
EpÃlogo e Universo Expandido
Nos momentos finais, a câmera se afasta da Terra e revela que nosso planeta é apenas uma pequena parte de algo muito maior: todo o universo é mostrado dentro de uma esfera de gude gigante, manipulada por seres cósmicos, ampliando a ideia de que os humanos são apenas uma peça minúscula em um tabuleiro imenso.