Abertura: A Vida Luxuosa de Roddy
O filme começa em um bairro nobre de Londres, onde conhecemos Roddy St. James, um rato de estimação que vive em uma casa elegante de humanos. Roddy tem uma vida solitária, mas cercada de luxo: roupas sofisticadas, brinquedos caros e até um teatro em miniatura. Apesar de tudo isso, ele não tem amigos de verdade e vive apenas da rotina confortável em sua gaiola de ouro.
Tudo muda quando, durante a ausência dos donos da casa, um rato de esgoto chamado Sid invade o lar em busca de comida e diversão. Roddy tenta enganar Sid, propondo que ele tome um "banho de jacuzzi", mas, ao abrir a tampa do vaso sanitário, Sid percebe a armadilha e acaba empurrando Roddy para dentro, mandando-o direto pelo encanamento.
O Mundo Subterrâneo
Roddy é arrastado pelos canos até chegar a uma cidade subterrânea formada por ratos, rãs, lesmas e outros animais que vivem nos esgotos de Londres. Essa cidade, chamada de Ratópolis, é vibrante, iluminada e cheia de vida, um contraste enorme com a solidão luxuosa da vida anterior de Roddy.
Logo ao chegar, Roddy encontra Rita Malone, uma rata corajosa, independente e astuta, que trabalha como contrabandista com seu barco, o Jammy Dodger. Ela está em uma missão quando cruza o caminho de Roddy, que a princípio quer apenas voltar para sua casa, mas acaba envolvido em sua confusão.
O Vilão: O Sapo
O principal inimigo da cidade subterrânea é o Sapo, um anfíbio obcecado por acabar com os ratos de Ratópolis. Ele vive em um palácio no esgoto e é servido por duas rãs brutamontes, Spike e Whitey, que executam suas ordens atrapalhadas. O Sapo tem um plano grandioso: inundar Ratópolis para destruir os ratos e deixar o lugar apenas para os anfíbios.
O que Rita rouba dele no início da trama é uma pedra preciosa em forma de rubi, que serve de gatilho para que o Sapo a persiga e coloque Roddy no meio da perseguição.
A Fuga de Roddy e Rita
Rita aceita ajudar Roddy a voltar para casa, em troca de parte da recompensa que ele promete oferecer. Juntos, eles enfrentam perseguições, emboscadas e diversos perigos nos túneis de Ratópolis. Entre os momentos de ação, o filme apresenta os coros musicais das lesmas, que aparecem em várias cenas comentando de forma cômica os acontecimentos.
No entanto, a relação entre Roddy e Rita começa com desconfiança: Rita vê Roddy como um esnobe e ingênuo que nunca viveu de verdade, enquanto Roddy acha Rita rude e desorganizada. Mas, aos poucos, eles aprendem a trabalhar em equipe.
O Plano do Sapo
O vilão revela seu plano: ele pretende aproveitar o evento da final da Copa do Mundo para abrir as comportas do esgoto. Quando os humanos de Londres usarem os banheiros em massa no intervalo da partida, a descarga gigantesca inundará Ratópolis, acabando com os ratos de uma vez por todas. O Sapo pretende transformar a cidade num império apenas de sapos e rãs.
Para garantir isso, ele convoca seu primo distante e famoso, o temido Le Frog, um sapo francês que lidera uma equipe de ninjas sapos, especialistas em acrobacias e perseguições. Eles são enviados para capturar Rita e Roddy e recuperar o rubi.
A Captura e o Resgate
Roddy e Rita são capturados por Le Frog e seus ninjas, mas conseguem escapar usando a inteligência de Rita e alguns acidentes cômicos provocados por Roddy. Nessa altura, Roddy começa a perceber a vida difícil de Rita, que tem uma grande família para sustentar. Diferente da vida vazia de luxo que ele levava, Rita tem laços reais e responsabilidades.
Os dois se aproximam e começam a confiar um no outro. Roddy passa a perceber que talvez sua vida confortável na superfície não seja tão satisfatória quanto parecia.
A Grande Batalha
O Sapo coloca seu plano em ação durante a final da Copa. Com a ajuda de Rita e sua família, Roddy retorna para impedir a inundação. Eles enfrentam uma sequência de perseguições eletrizantes dentro do sistema de esgoto, com explosões de água, manivelas quebrando e os ninjas sapos tentando impedir a fuga.
No clímax, Roddy e Rita conseguem sabotar o mecanismo que abriria as comportas, usando as próprias máquinas do Sapo contra ele. No fim, o Sapo, Spike, Whitey e Le Frog acabam sendo levados pela enorme descarga de água, desaparecendo pelo esgoto.
Conclusão: Nova Vida de Roddy
Com o perigo afastado, Roddy percebe que não quer mais voltar para sua antiga vida solitária de mascote. Ele encontra em Rita não só uma parceira de aventuras, mas também um novo lar. Roddy decide ficar em Ratópolis, tornando-se parte da tripulação do Jammy Dodger e convivendo com a família numerosa e calorosa de Rita.
O filme termina com Roddy finalmente sentindo que tem uma vida verdadeira, cercado de amigos e afeto, muito diferente da solidão do início da história.
