Abertura: A Infância de James Howlett
O filme começa em 1845, no Canadá, mostrando a infância de James Howlett, um garoto doente que vive em uma mansão com sua mãe, Elizabeth Howlett, e seu suposto pai, John Howlett. Em uma noite de tempestade, um trabalhador da casa chamado Thomas Logan invade a mansão, atira em John Howlett e o mata. O trauma desperta pela primeira vez os poderes mutantes de James: garras de osso saem de suas mãos. Em um surto de raiva, ele mata Thomas Logan, mas descobre que na verdade ele era seu pai biológico. Chocado, James foge de casa acompanhado de seu meio-irmão Victor Creed, também mutante, que tem garras e força animal.
Irmãos na Guerra
A partir daÃ, o filme mostra em montagem a vida longa de James e Victor. Eles lutam lado a lado em várias guerras ao longo da história: a Guerra Civil Americana, a Primeira Guerra Mundial, a Segunda Guerra Mundial e até o Vietnã. Essa sequência mostra como os dois irmãos são praticamente imortais, com suas habilidades regenerativas os mantendo vivos. Porém, a violência descontrolada de Victor vai deixando James cada vez mais incomodado.
No Vietnã, Victor perde o controle e mata oficiais. Ambos acabam presos, mas são recrutados pelo coronel William Stryker para uma força-tarefa especial composta apenas de mutantes.
A Equipe X
Stryker apresenta a Equipe X, formada por vários mutantes mercenários:
- Wade Wilson, um espadachim habilidoso e falastrão.
- Agente Zero, mestre em armas de fogo.
- Bradley, capaz de controlar eletrônicos.
- Fred Dukes, com força sobre-humana.
- John Wraith, teletransportador.
A equipe realiza missões brutais, incluindo um ataque violento a uma aldeia na Nigéria em busca de um metal raro chamado adamantium. Durante a missão, James se revolta com a crueldade de Victor e dos outros e decide abandonar a equipe, deixando o passado para trás.
Uma Nova Vida
Seis anos depois, James vive uma vida pacÃfica nas Montanhas Rochosas do Canadá, agora atendendo pelo nome Logan. Ele trabalha como lenhador e vive com sua namorada, Kayla Silverfox, tentando esquecer a violência do passado.
Tudo muda quando Stryker aparece para alertar que membros da antiga equipe estão sendo assassinados misteriosamente. Logan recusa envolvimento, mas logo descobre a verdade: Victor, agora implacável e descontrolado, mata Kayla em um ataque brutal.
O Programa Arma X
Tomado pela sede de vingança, Logan aceita a proposta de Stryker: participar de um experimento para se tornar indestrutÃvel. Ele passa pelo doloroso Programa Arma X, onde seu esqueleto é revestido com adamantium, tornando-o praticamente indestrutÃvel. Ao final, ele adota o nome de Wolverine.
Mas o experimento era parte do plano de Stryker de criar sua própria arma mutante. Quando Logan percebe a manipulação, foge das instalações em uma cena marcante, correndo nu pelas florestas até encontrar abrigo em uma fazenda de idosos que lhe dão roupas e acolhimento — mas logo são mortos por agentes de Stryker.
A Caçada por Victor
Wolverine busca aliados para enfrentar Victor. Ele reencontra John Wraith e Fred Dukes, que agora está obeso devido ao descontrole de seus poderes. Depois de derrotar Fred em uma luta de boxe, Wolverine descobre que Victor está trabalhando diretamente para Stryker, ajudando-o a capturar mutantes para experimentos.
Wraith o leva até Gambit (Remy LeBeau), um mutante que controla cartas de energia explosiva e é o único que sabe a localização da base de Stryker. Após uma luta inicial, Wolverine convence Gambit a ajudá-lo e viaja até as Ilhas Três Milhas.
A Verdade sobre Kayla
Na base, Wolverine descobre uma revelação chocante: Kayla está viva. Ela fingiu a própria morte porque Stryker ameaçou sua irmã, também mutante. Kayla havia ajudado Stryker a manipular Logan, mas se arrependeu. Mesmo assim, a dor da traição o consome.
Victor aparece, e Wolverine o enfrenta em um duelo brutal, mas não consegue matá-lo. Em seguida, Logan se depara com o plano final de Stryker: Arma XI, uma fusão de vários poderes mutantes. Essa criação monstruosa é ninguém menos que Wade Wilson, transformado em uma aberração conhecida como Deadpool. Ele tem garras de energia, teletransporte e até visão de laser, mas sua boca foi costurada para não falar.
A Batalha Final
Wolverine se alia temporariamente a Victor para derrotar Deadpool. Os irmãos enfrentam a criatura em uma luta intensa no topo das torres da usina. Juntos, conseguem derrotá-lo, derrubando-o da estrutura.
Após a batalha, Victor desaparece na escuridão, afirmando que Logan sempre será seu irmão, mas nunca poderão viver juntos em paz.
Enquanto isso, Wolverine ajuda Kayla a salvar os jovens mutantes que estavam presos na base, incluindo uma versão jovem de Ciclope (Scott Summers). Eles são resgatados pelo Professor Charles Xavier, que aparece para guiá-los em segurança.
O Preço da Vingança
Antes de Wolverine e Kayla fugirem, Stryker atira balas de adamantium na cabeça de Logan. Embora não consiga matá-lo, o impacto danifica seu cérebro, fazendo-o perder totalmente a memória de sua vida anterior.
Logan desperta sem reconhecer Kayla, que morre logo depois devido aos ferimentos. Sozinho e sem passado, ele parte em busca de um novo caminho, selando sua transformação definitiva em Wolverine.