Abertura: O Sonho de Voar
O filme começa apresentando Jake Sully (Sam Worthington), um ex-fuzileiro naval paraplégico que perdeu o movimento das pernas em combate. Ele é convocado para uma missão no planeta Pandora, uma lua habitada pelos Na’vi, após a morte de seu irmão gêmeo, que era cientista e fazia parte do Programa Avatar. Como Jake possui o mesmo DNA do irmão, ele é o único capaz de operar o avatar que havia sido criado para ele.
Jake aceita a missão, em parte pela promessa de que a empresa responsável, a RDA (Resources Development Administration), poderá pagar por uma cirurgia que lhe devolva os movimentos.
O Programa Avatar
Em Pandora, Jake conhece a Dra. Grace Augustine (Sigourney Weaver), cientista chefe do programa, que não gosta de sua inclusão na equipe, já que ele não tem treinamento científico. O programa cria corpos híbridos, chamados avatares, que são controlados remotamente por humanos. Ao assumir o corpo de seu avatar, Jake tem pela primeira vez a experiência de voltar a andar, correr e sentir liberdade.
Ele também conhece outros membros importantes: o piloto Trudy Chacón (Michelle Rodriguez), o cientista Norm Spellman (Joel David Moore) e o administrador corporativo Parker Selfridge (Giovanni Ribisi), que está interessado apenas na exploração do Unobtainium, um minério extremamente valioso encontrado em Pandora.
O Primeiro Contato com Pandora
Durante uma das missões de reconhecimento, Jake se perde na floresta alienígena. Ele é atacado por predadores e salvo por Neytiri (Zoe Saldaña), uma jovem Na’vi, filha dos líderes do clã Omaticaya. No início, Neytiri não gosta dele, mas uma série de sinais espirituais ligados à deusa Eywa a convence de que Jake pode ter um destino importante.
Ela o leva até seu povo, onde ele é julgado por Eytukan (Wes Studi), o líder do clã, e pela sacerdotisa Mo’at (CCH Pounder). Eles decidem que Jake poderá aprender os costumes dos Na’vi para provar seu valor.
O Treinamento com os Na’vi
Jake passa a viver entre os Omaticaya, guiado por Neytiri. Ele aprende a caçar, a respeitar a natureza de Pandora e a se conectar espiritualmente à floresta através da árvore das almas e das conexões neuronais chamadas tsahaylu.
Nesse processo, Jake desenvolve uma relação de confiança com Neytiri, e os dois começam a se aproximar emocionalmente. Enquanto isso, em suas gravações, Jake fornece informações militares ao coronel Miles Quaritch (Stephen Lang), chefe de segurança da RDA, que pretende usar esse conhecimento para atacar os Na’vi.
A Prova de Fogo
Jake enfrenta seu maior desafio cultural: domesticar um Ikran, uma criatura voadora usada pelos Na’vi como montaria. Ele consegue completar o rito de passagem com sucesso, o que aumenta seu prestígio entre o clã.
Em paralelo, Grace e sua equipe percebem que Pandora é um ecossistema altamente conectado, quase como um cérebro planetário, e que Eywa pode ser uma entidade viva que mantém equilíbrio em tudo.
Jake, cada vez mais dividido entre sua missão militar e sua nova vida, se apaixona por Neytiri, e os dois selam sua união de acordo com os rituais Na’vi.
O Conflito Inevitável
Quando a RDA descobre que o Lar-Árvore (Hometree) dos Omaticaya está localizado sobre uma imensa jazida de Unobtainium, Parker Selfridge e o coronel Quaritch exigem que os Na’vi abandonem o local. Jake tenta negociar, mas Eytukan e o clã se recusam a sair.
Quaritch então ordena um ataque brutal. O Lar-Árvore é destruído em uma operação militar devastadora. Eytukan é morto na ofensiva, e os Na’vi são forçados a fugir. Neytiri, sentindo-se traída, rompe com Jake quando descobre sua ligação com os humanos.
Jake, Grace e Norm são presos pelos militares, mas Trudy os ajuda a escapar. Durante a fuga, Grace é gravemente ferida.
A Volta de Jake e o Renascimento
Para recuperar a confiança dos Na’vi, Jake realiza um feito lendário: ele doma o Toruk, uma imensa criatura alada temida e reverenciada pelos Na’vi. Com isso, ele ganha o título de Toruk Makto, um herói mítico.
Jake lidera o clã até a Árvore das Almas para tentar salvar Grace, conectando seu corpo humano ao seu avatar de forma permanente. A transferência espiritual, porém, falha, e Grace morre, unindo-se a Eywa.
Motivados por Jake, os Omaticaya reúnem clãs vizinhos para enfrentar os humanos em uma guerra épica pela sobrevivência de Pandora.
A Batalha Final
Quaritch lança um ataque massivo contra a Árvore das Almas. Os Na’vi, liderados por Jake em seu Toruk, enfrentam as forças militares da RDA em uma batalha aérea e terrestre impressionante.
No auge da luta, a própria natureza de Pandora parece se unir aos Na’vi, quando animais selvagens atacam os humanos, interpretado como a resposta de Eywa às orações de Neytiri.
Jake enfrenta Quaritch em um combate final. O coronel, usando uma armadura AMP Suit, quase mata Jake ao quebrar a cápsula onde está seu corpo humano. Neytiri intervém e mata Quaritch com suas flechas, salvando Jake.
O Novo Começo
Com a vitória, a RDA é expulsa de Pandora. Os humanos sobreviventes são enviados de volta à Terra, exceto alguns aliados como Norm.
Jake, em sua forma humana, participa do ritual para transferir sua consciência permanentemente para seu corpo Na’vi. Desta vez, a conexão dá certo. Ele desperta com seus novos olhos, agora vivendo de fato como um Na’vi.
