Abertura: O Crime nas Sombras
O filme se inicia em Nova York, apresentando uma onda crescente de crimes misteriosos. Bolsas e carteiras desaparecem em segundos, caminhões somem sem deixar rastros e a polÃcia está confusa. A repórter April O’Neil (Judith Hoag) denuncia em seu programa de TV que existe uma organização criminosa bem estruturada por trás desses delitos, mas ninguém consegue provas concretas.
Certa noite, após sair do estúdio, April é atacada por bandidos. As luzes se apagam, sons de luta ecoam e, quando a polÃcia chega, os criminosos estão desacordados. April encontra apenas uma estranha arma de metal caÃda no chão. É a primeira ação das Tartarugas Ninja, ainda ocultas nas sombras.
O Refúgio no Esgoto
As cenas seguintes revelam os heróis: Leonardo, Donatello, Raphael e Michelangelo, quatro tartarugas mutantes treinadas em ninjutsu por seu mestre, o rato Splinter. Eles vivem escondidos nos esgotos da cidade, onde treinam e convivem como uma famÃlia. Cada um tem sua personalidade marcante: Leonardo é o lÃder disciplinado, Donatello o inventor, Michelangelo o brincalhão e Raphael o rebelde.
Splinter reforça a importância de permanecerem ocultos para se proteger do preconceito humano. Raphael, insatisfeito, sente-se preso nesse anonimato.
O Conflito de Raphael
Depois de uma patrulha, Raphael fica irritado por não poder agir abertamente contra o crime. Ele se disfarça com um sobretudo e vai ao cinema. Ao sair, impede um assalto no metrô, mas acaba chamando atenção demais. Nesse momento, conhecemos Casey Jones (Elias Koteas), um vigilante que combate criminosos usando tacos de hóquei e bastões de beisebol. Raphael e Casey lutam brevemente, mas sem se machucarem gravemente; Casey, ao perceber que Raphael é uma tartaruga mutante, foge confuso.
April Descobre a Verdade
April continua investigando os crimes e volta a ser atacada pela gangue. Raphael, que a seguia, salva a repórter e a leva para o esconderijo nos esgotos. Ela conhece as tartarugas e Splinter, ficando chocada, mas logo aceita a verdade. Eles criam um vÃnculo de amizade, e April passa a compreender a vida secreta dos heróis.
No entanto, ao voltar para casa, ela encontra o local revirado por criminosos e é demitida da TV por insistir em denunciar o grupo misterioso conhecido como Clã do Pé (Foot Clan).
O Clã do Pé e Destruidor
É então que o vilão principal é revelado: Destruidor (Shredder, interpretado por James Saito), lÃder do Clã do Pé. Ele recruta jovens problemáticos oferecendo comida, diversão e um lugar para pertencer, transformando-os em ladrões e ninjas obedientes. Seu braço-direito é Tatsu, que comanda os soldados do Clã.
Destruidor descobre a existência das tartarugas e ordena que Splinter seja capturado. O mestre é levado como prisioneiro e torturado para revelar o paradeiro de seus filhos adotivos.
O Ataque à Casa de April
As tartarugas passam a morar no apartamento de April, mas não demora para que o Clã do Pé descubra. Uma grande batalha acontece dentro da loja de antiguidades que ela herdou. Os ninjas destroem o local e ateiam fogo. Raphael é gravemente ferido durante o confronto.
No momento mais crÃtico, Casey Jones reaparece e ajuda o grupo a escapar. Eles fogem juntos para uma casa de campo afastada, onde Raphael é tratado e se recupera lentamente.
Reflexão e Treinamento
No refúgio rural, as tartarugas enfrentam um perÃodo de introspecção. Leonardo se sente culpado pela condição de Raphael, mas os irmãos se unem para treinamentos e meditação. Nesse processo, eles têm uma visão espiritual de Splinter, que reforça a união da famÃlia e os encoraja a retornar à luta.
Raphael desperta e faz as pazes com Leonardo, fortalecendo ainda mais o grupo.
O Retorno a Nova York
De volta à cidade, as tartarugas descobrem que Splinter está cativo no quartel-general do Clã do Pé. Eles se infiltram no local e enfrentam ondas de ninjas em uma batalha épica. Enquanto isso, Casey liberta Splinter, derrotando Tatsu em uma briga brutal.
A Luta Contra Destruidor
O clÃmax acontece nos telhados de Nova York. As tartarugas enfrentam Destruidor em uma luta intensa. Apesar dos esforços combinados, elas são derrotadas facilmente, provando a força do vilão. Quando tudo parece perdido, Splinter aparece e confronta Destruidor.
O mestre revela ser o rato de estimação de Hamato Yoshi, antigo inimigo do vilão. Ele exibe cicatrizes em sua orelha, deixadas por Destruidor anos atrás. Furioso, o vilão tenta atacar Splinter, mas acaba sendo jogado do telhado em um caminhão de lixo. Casey aciona o compactador, aparentemente esmagando o inimigo.
O Desfecho: A União da FamÃlia
Com o Clã do Pé derrotado, as tartarugas celebram sua vitória. April recupera sua coragem e reconstrói sua vida, enquanto Casey e ela iniciam um romance. Nos esgotos, Splinter elogia seus filhos pela coragem e união, encerrando a aventura com humor: Michelangelo solta piadas, e todos riem juntos.