Abertura: Green Day em Springfield
O filme começa com a banda Green Day fazendo um show em Springfield. Durante a apresentação, o palco deles, feito sobre uma balsa no lago poluÃdo da cidade, começa a se dissolver por causa da poluição tóxica da água. Enquanto eles tentam conscientizar o público sobre a preservação ambiental, os moradores se revoltam e jogam lixo e objetos neles. O palco afunda, e a banda é engolida pelo lago. Esse incidente dá o tom para o tema central: a poluição em Springfield.
O Sermão de Lisa
Lisa Simpson, preocupada com o meio ambiente, organiza uma palestra chamada “Um Conto de Duas Cidades PoluÃdas”. Ela tenta convencer os moradores de Springfield a se preocuparem com o lixo e a poluição, mas a maioria não se importa. Porém, um garoto chamado Colin demonstra interesse e apoio à s ideias de Lisa, gerando uma simpatia imediata entre os dois.
O Porquinho de Homer
Enquanto isso, Homer salva um porco que deveria ser abatido após uma propaganda da lanchonete Krusty Burger. Ele o leva para casa e o adota como animal de estimação, chamando-o de Porquinho-Aranha (ou Spider-Pig, em inglês), criando uma série de piadas que se tornam icônicas. O problema é que Homer começa a armazenar todo o esterco do porco em um imenso silo no quintal, contribuindo ainda mais para a poluição da cidade.
A Catástrofe Ambiental
Marge descobre que o silo de Homer está cheio e insiste para que ele dê um destino adequado ao lixo. Homer promete levar o silo para o lixão, mas, no caminho, vê uma fila grande e resolve despejar todo o conteúdo diretamente no lago de Springfield, que já estava em estado crÃtico. Isso torna o lago uma verdadeira bomba tóxica.
Logo depois, Springfield é inspecionada pela Agência de Proteção Ambiental (EPA), liderada por Russ Cargill, que convence o presidente dos Estados Unidos (uma versão caricata de Arnold Schwarzenegger) de que a cidade inteira representa uma ameaça ao paÃs. A solução extrema é colocar Springfield sob uma imensa cúpula de vidro, isolando todos os moradores do mundo exterior.
O Ódio Contra os Simpsons
Quando se descobre que Homer foi o responsável por despejar o silo no lago, os cidadãos ficam furiosos. Uma multidão enfurecida cerca a casa dos Simpsons com tochas, querendo linchá-los. A famÃlia consegue escapar por um buraco no telhado e foge da cidade através de um túnel improvisado.
A Fuga para o Alasca
Homer decide levar a famÃlia para o Alasca, acreditando que lá estarão seguros e livres do ódio da cidade. No caminho, eles enfrentam dificuldades, mas conseguem se estabelecer em uma cabana. Homer está feliz por ter escapado, mas Marge e as crianças continuam preocupados com os amigos que ficaram presos em Springfield.
O Plano de Russ Cargill
Enquanto isso, Cargill convence o presidente a destruir Springfield completamente, alegando que é a única solução definitiva. O plano é detonar uma bomba no interior da cúpula, eliminando a cidade e todos os seus habitantes.
A Escolha de Homer
Quando Marge descobre sobre o plano de Cargill, ela decide voltar para Springfield com Bart, Lisa e Maggie. Antes de ir, Marge grava uma mensagem em vÃdeo para Homer, explicando que não pode mais confiar nele por sempre pensar apenas em si mesmo. Homer, inicialmente, tenta ignorar a situação, mas após passar por um momento de reflexão e uma visão espiritual com uma velha indÃgena, ele percebe que precisa mudar e assumir responsabilidade por seus atos.
O Retorno a Springfield
Homer retorna a Springfield para impedir a explosão. Ele entra na cúpula por um buraco feito por Maggie e reencontra sua famÃlia. Os moradores estão desesperados, já que a contagem regressiva da bomba foi iniciada.
O Ato Heroico de Homer
Homer pega a bomba e tenta jogá-la para fora da cúpula. Com a ajuda de Bart, que finalmente o aceita como pai após uma série de conflitos entre eles (especialmente por Bart ter se aproximado de Ned Flanders), eles conseguem subir até o topo da cúpula. Numa cena de ação, Homer e Bart jogam a bomba pelo buraco no último segundo, salvando Springfield da destruição.
O Desfecho: Reconciliação e Reconstrução
Após o perigo ser evitado, os cidadãos de Springfield reconhecem Homer como herói, mesmo após todo o caos que ele causou no inÃcio. Marge perdoa Homer, e Bart reafirma que, apesar de tudo, prefere Homer a Ned Flanders como pai. Lisa se despede de Colin, e a cidade começa lentamente a se reconstruir, com a promessa de ser mais consciente em relação ao meio ambiente.
O filme termina com a famÃlia Simpson reunida, Homer feliz com seu Porquinho-Aranha, e Springfield livre da ameaça da EPA.