Abertura: A Tentativa de Assassinato
O filme se inicia dez anos após os eventos de A Ameaça Fantasma. A Senadora Padmé Amidala (Natalie Portman), antiga Rainha de Naboo, viaja para Coruscant a fim de votar contra a criação de um exército para a República. Logo ao chegar, sofre um atentado: sua nave é explodida, mas ela sobrevive, embora sua dama de companhia morra em seu lugar. A ameaça reforça o clima de tensão política que domina a galáxia.
O Supremo Chanceler Palpatine (Ian McDiarmid) solicita que os Jedi protejam Padmé. O Conselho Jedi designa o Cavaleiro Jedi Obi-Wan Kenobi (Ewan McGregor) e seu aprendiz, agora jovem adulto, Anakin Skywalker (Hayden Christensen), para a missão. Anakin e Padmé não se viam desde a infância, e o reencontro desperta sentimentos intensos no jovem Jedi.
O Crescente Romance
Enquanto Obi-Wan parte para investigar os atentados, Anakin recebe a tarefa de escoltar Padmé de volta a Naboo, onde ela estará mais segura. Durante a viagem e o tempo que passam juntos, eles se aproximam. Anakin, antes apenas o garoto sonhador de Tatooine, agora é um jovem impulsivo, confiante e apaixonado. Padmé, inicialmente resistente, começa a se render ao vínculo que os une, mesmo sabendo que o código Jedi proíbe relacionamentos.
Anakin revela a Padmé seus conflitos internos, incluindo pesadelos recorrentes com sua mãe, Shmi Skywalker (Pernilla August). Esse tormento o leva a tomar uma decisão arriscada: viajar para Tatooine em busca dela.
O Retorno a Tatooine e a Tragédia
Na antiga casa, Anakin descobre que sua mãe foi vendida e está vivendo com o fazendeiro Cliegg Lars (Jack Thompson), agora casada e mãe do jovem Owen Lars (Joel Edgerton), que mais tarde se tornará tio de Luke Skywalker. Porém, Shmi foi capturada por invasores Tusken, os chamados “povos da areia”.
Anakin parte para resgatá-la, mas a encontra à beira da morte em um acampamento Tusken. Ela morre em seus braços, levando o jovem Jedi ao desespero. Tomado pela raiva, Anakin massacra todo o clã Tusken — homens, mulheres e crianças. Depois, confessa seu ato a Padmé, que o consola, embora assustada pela escuridão que já começa a despontar nele.
A Investigação de Obi-Wan
Enquanto isso, Obi-Wan descobre pistas sobre o atentado contra Padmé. Ele rastreia o caçador de recompensas envolvido e segue até o planeta Kamino, onde se surpreende ao encontrar uma base secreta de clonagem. Lá, descobre que, a pedido da República, está sendo desenvolvido em segredo um vasto exército de clones, baseados no material genético do caçador Jango Fett (Temuera Morrison).
Obi-Wan enfrenta Jango e seu filho, o jovem Boba Fett, mas o caçador escapa. Obi-Wan continua a perseguição até o planeta Geonosis, onde descobre a real extensão da ameaça: uma aliança separatista liderada pelo ex-Jedi Conde Dookan (Christopher Lee), também conhecido como Darth Tyranus, que planeja usar droides de batalha para enfrentar a República.
Geonosis: A Captura
Enquanto Obi-Wan é feito prisioneiro em Geonosis, ele envia um pedido de socorro. Anakin e Padmé, que já não escondem o amor que sentem um pelo outro, decidem ir ao resgate, desobedecendo ordens diretas. Contudo, também são capturados.
Na arena de Geonosis, os três são condenados à execução por monstros alienígenas. Apesar da luta corajosa, estão prestes a sucumbir quando Mestre Mace Windu (Samuel L. Jackson) chega acompanhado de dezenas de Jedi. Uma batalha massiva se inicia contra os droides separatistas.
O Exército de Clones
Os Jedi estão em desvantagem até a chegada inesperada do exército de clones, liderado por Mestre Yoda (voz de Frank Oz). A guerra explode em escala total: Jedi e clones contra as forças separatistas de Dookan. É a primeira grande batalha das chamadas Guerras Clônicas.
Durante o conflito, Anakin e Obi-Wan enfrentam o Conde Dookan. O jovem Jedi, impetuoso, ataca primeiro, mas é dominado e perde o braço direito em combate. Obi-Wan também é gravemente ferido. Quando tudo parece perdido, Yoda intervém em um duelo impressionante contra seu antigo aprendiz, Dookan. O vilão, no entanto, consegue escapar, revelando que seu mestre é ninguém menos que o Lorde Sith Darth Sidious — identidade secreta de Palpatine.
O Casamento Secreto
Com o braço substituído por uma prótese mecânica, Anakin retorna a Naboo ao lado de Padmé. Apesar das proibições do código Jedi e dos riscos políticos, eles decidem se casar em segredo, numa cerimônia simples à beira do lago, com apenas R2-D2 e C-3PO como testemunhas.
Esse casamento sela não só o destino dos dois, mas também os rumos da galáxia, pois a paixão proibida de Anakin será um dos gatilhos de sua futura queda para o lado sombrio da Força.
Encerramento: O Início das Guerras Clônicas
O filme termina mostrando o Supremo Chanceler Palpatine observando, com satisfação velada, o início da guerra em grande escala. A República agora possui seu exército de clones, e a galáxia mergulha em conflito aberto contra os separatistas.
Enquanto isso, os Jedi percebem que entraram em uma guerra que não compreendem totalmente, sem imaginar que estão sendo manipulados pelo próprio Palpatine.
