Abertura: O Despertar do Primeiro Mutante
O filme começa no Egito Antigo, cerca de 3600 a.C., mostrando En Sabah Nur, conhecido como Apocalipse, o primeiro mutante da história. Ele é venerado como um deus e está em processo de transferir sua consciência para um novo corpo, adquirindo poderes de imortalidade. Durante o ritual, seus seguidores o traem e fazem desmoronar a pirâmide, enterrando-o vivo. Antes de ser totalmente soterrado, Apocalipse é protegido por seus fiéis guardiões, mas acaba preso em um sono profundo por milhares de anos.
Os Anos 1980 e a Nova Geração de Mutantes
A trama avança para os anos 1980. No Instituto Xavier, Charles Xavier ensina jovens mutantes e mantém viva a esperança de coexistência pacÃfica entre humanos e mutantes. Entre os novos alunos estão Jean Grey, que luta para controlar seus poderes psÃquicos, e Scott Summers, que descobre seus poderes de disparar rajadas ópticas e é levado ao Instituto por seu irmão mais velho, Alex Summers (Destrutor).
Enquanto isso, MÃstica (Raven), que se tornou uma figura lendária para mutantes oprimidos após os eventos de Dias de um Futuro Esquecido, atua secretamente resgatando mutantes perseguidos, como Noturno (Kurt Wagner), que era explorado em lutas clandestinas em Berlim.
O Despertar de Apocalipse
No Cairo, arqueólogos descobrem a tumba de Apocalipse. Quando o sol incide sobre a pirâmide, a energia desperta o antigo mutante. Confuso com o mundo moderno, Apocalipse começa a recrutar seguidores, formando seus Quatro Cavaleiros.
Ele encontra Tempestade (Ororo Munroe) ainda jovem e vivendo como ladra nas ruas, impressionado por seu poder de controlar o clima. Em seguida, recruta Psylocke (Elizabeth Braddock), uma guerreira mortal e braço direito do mercenário Caliban. Logo depois, transforma Anjo (Warren Worthington III), que havia perdido suas asas em lutas, em Arcanjo, com asas metálicas letais. Por fim, Apocalipse recruta Magneto (Erik Lehnsherr), que após perder sua esposa e filha em um trágico ataque na Polônia, cede à promessa de poder ilimitado e vingança.
A Ameaça Cresce
Apocalipse revela seu plano: destruir a civilização humana e construir um novo mundo governado por mutantes sob sua liderança. Ele amplifica os poderes de Magneto, fazendo-o manipular o campo magnético do planeta, causando catástrofes globais.
Enquanto isso, Xavier tenta localizar Magneto usando o Cérebro, mas acaba sendo sequestrado por Apocalipse, que planeja usar seu corpo e seus poderes telepáticos para dominar toda a humanidade.
O Resgate em Arma X
Enquanto Xavier é capturado, MÃstica, Fera, Noturno, Jean Grey e Ciclope tentam resgatá-lo, mas acabam capturados pela agência militar liderada por William Stryker. Eles são levados para a instalação secreta em Alkali Lake. Lá, descobrem um mutante preso: Logan, transformado em uma arma conhecida como Arma X. Descontrolado e selvagem, ele é libertado por Jean Grey, que consegue restaurar parte de sua humanidade, permitindo que ele fuja.
A Batalha Final no Cairo
Apocalipse leva Xavier ao Cairo e inicia o ritual para transferir sua consciência para o corpo do telepata. O grupo de heróis se reúne para enfrentá-lo. Durante a batalha, cada Cavaleiro é confrontado: Noturno enfrenta Arcanjo; Psylocke luta contra Fera e MÃstica; Tempestade, inspirada pelo heroÃsmo de MÃstica, muda de lado e se volta contra Apocalipse.
Magneto, após testemunhar a coragem dos X-Men e lembrado por Xavier de sua verdadeira natureza, também se volta contra Apocalipse, ajudando a enfraquecê-lo.
Jean Grey, antes contida e temerosa de seus próprios poderes, finalmente libera todo o potencial da Fênix, envolvendo-se em chamas e liberando energia psÃquica avassaladora. Esse poder, combinado com a força dos outros mutantes, destrói Apocalipse de uma vez por todas.
Conclusão e Novo Começo
Com a ameaça derrotada, Magneto e Tempestade decidem reconstruir o mundo ao lado de Xavier. O Instituto Xavier reabre suas portas, agora com novos alunos e um time de mutantes mais unido. Ciclope, Jean Grey, Noturno, Tempestade e outros iniciam oficialmente o treinamento como os novos X-Men.
No final, vemos MÃstica e Fera treinando os jovens na Sala de Perigo, marcando o nascimento de uma nova geração de heróis que protegerá a humanidade e os mutantes.
Na cena pós-créditos, agentes da Corporação Essex recolhem uma amostra do sangue de Logan em Alkali Lake, preparando o terreno para novas ameaças.