Abertura: O Caso da Serleena
O filme começa com a narração de Peter Graves, apresentando um programa televisivo sobre um caso não resolvido dos Homens de Preto, envolvendo a poderosa e enigmática Luz de Zartha. Nesse prólogo, conhecemos a lenda de uma entidade alienÃgena que tentou roubar esse artefato, mas foi derrotada. Essa narrativa se conecta diretamente com os eventos atuais, quando a vilã Serleena (Lara Flynn Boyle), uma criatura alienÃgena maligna com forma de klythian, chega à Terra disfarçada como uma modelo. Ela mata um vendedor de fast-food e toma forma humanoide, determinada a encontrar a Luz de Zartha para dominar a galáxia.
Agente J em Nova Iorque
Enquanto isso, o Agente J (Will Smith) está em atividade plena na agência MIB, combatendo ameaças alienÃgenas em Nova Iorque. Logo no inÃcio, ele lida com um verme gigante no metrô e demonstra que assumiu o posto de principal agente de campo desde a aposentadoria do Agente K (Tommy Lee Jones). No entanto, J mostra sinais de solidão e frustração: ele neuraliza parceiros constantemente, alegando que ninguém tem perfil para o trabalho, e até mantém uma relação fria com os colegas, incluindo o grupo de vermes alienÃgenas cômicos que vivem no quartel-general.
O Assassinato de Ben
Serleena começa sua busca e mata Ben, um alienÃgena dono de uma pizzaria que sabia segredos sobre a Luz de Zartha. Quem presencia o crime é Laura Vasquez (Rosario Dawson), a filha adotiva de Ben, que trabalha com ele. J é chamado para investigar e percebe que Laura está envolvida, mas, em vez de neuralizá-la, como deveria, ele decide protegê-la. A presença dela desperta em J sentimentos que vão além do profissional.
A Ameaça Cresce
Serleena recruta dois capangas alienÃgenas de duas cabeças, Scrad e Charlie (interpretados por Johnny Knoxville), para ajudá-la. Ela invade o quartel-general dos Homens de Preto, espalhando tentáculos e colocando toda a agência sob seu controle. Os agentes ficam aprisionados, e ela ameaça destruir tudo caso a Luz não seja entregue. Isso obriga J a tomar uma decisão drástica: trazer de volta o único homem que pode saber a verdade sobre o paradeiro da Luz – seu antigo parceiro, K.
A Volta do Agente K
K agora vive como Kevin Brown, um simples funcionário dos correios. J o encontra e tenta convencê-lo a retornar. A cena no correio é humorÃstica, mostrando que praticamente todos os colegas de K são alienÃgenas disfarçados. Mesmo sem memória, Kevin demonstra instintos naturais de liderança. J leva o ex-parceiro para a agência, onde, através de um processo de deneuralização, suas memórias são restauradas, mas de forma gradual. No começo, K parece ainda confuso sobre os detalhes da missão da Luz de Zartha.
Corrida Contra o Tempo
Com Serleena controlando a agência e Laura correndo perigo, J e K partem em uma investigação cheia de perseguições. Eles visitam o alienÃgena Jeebs (Tony Shalhoub), que fornece armas escondidas, e também procuram pistas em um vÃdeo de segurança que mostra a morte de Ben. Descobrem que a Luz de Zartha não é apenas uma lenda e que o prazo para ela deixar a Terra é curto: se não for lançada ao espaço, o planeta inteiro será destruÃdo.
A Revelação sobre Laura
Durante a missão, K finalmente recupera todas as memórias e revela a grande verdade: a Luz de Zartha é, na verdade, Laura. Ela é a chave para salvar a galáxia, pois carrega dentro de si a energia capaz de restaurar a paz entre os zarthanos e seus inimigos. Isso explica a conexão que J sentia com ela e por que Serleena estava disposta a tudo para encontrá-la.
Confronto Final
No clÃmax, Serleena e seus capangas enfrentam J e K em uma intensa batalha no aeroporto espacial escondido. Serleena assume sua forma monstruosa com tentáculos, mostrando toda sua verdadeira aparência alienÃgena. Mesmo com dificuldade, J e K conseguem derrotá-la, mas precisam agir rápido para enviar Laura de volta a Zartha. K, com seu estilo pragmático, orienta Laura a aceitar seu destino, enquanto J tenta convencê-la de que ela pode escolher. No fim, Laura compreende seu papel e parte, salvando a Terra da destruição.
Desfecho e Recomeço
Com a vitória, J retoma seu posto como agente de campo e K, agora plenamente reintegrado, volta oficialmente ao trabalho. O filme encerra com momentos de humor tÃpicos da franquia, incluindo a revelação cômica de que os humanos vivem dentro de um armário em miniatura, enquanto um universo muito maior os observa. O relacionamento entre J e K se restabelece, reforçando a parceria que marcou o primeiro filme.