Abertura: O Passado de Jean Grey
O filme começa com uma cena ambientada no passado, mostrando Charles Xavier e Erik Lehnsherr (Magneto) visitando a jovem Jean Grey. Eles percebem seu imenso poder mutante e tentam convencê-la a controlar suas habilidades. Esse flashback já antecipa a importância de Jean para a trama e sua conexão com a força chamada Fênix.
A Descoberta da Cura Mutante
Nos dias atuais, a humanidade é surpreendida com uma descoberta cientÃfica revolucionária: uma empresa farmacêutica desenvolve uma “cura para mutantes”, utilizando o DNA de um garoto chamado Jimmy (Leech), cujo poder neutraliza os dons mutantes. A novidade divide opiniões: alguns veem isso como esperança de uma vida “normal”, enquanto outros encaram como ameaça à identidade e existência mutante.
A Morte de Scott Summers
Enquanto lida com a dor da perda de Jean em X-Men 2, Scott Summers (Ciclope) retorna ao lago Alkali, onde ela havia se sacrificado. Ali, ele tem uma visão perturbadora de Jean, agora ressuscitada. Eles se beijam, mas o poder da Fênix se manifesta violentamente e Scott desaparece. Logo depois, Xavier, Wolverine e Tempestade chegam ao local e encontram apenas Jean, desacordada.
O Retorno de Jean e o Segredo da Fênix
Jean é levada para a mansão dos X-Men, mas Xavier revela que ela possui uma personalidade dividida: a Jean que todos conhecem e a entidade Fênix, sua parte mais poderosa e instável. Durante anos, Xavier havia ajudado a conter esse lado obscuro, mas agora, liberta, a Fênix se mostra cada vez mais perigosa.
A Ascensão de Magneto
Enquanto isso, Magneto reúne um grande exército de mutantes para se rebelar contra a humanidade, utilizando a notÃcia da cura como catalisador para sua guerra. Ele resgata MÃstica, mas quando ela perde seus poderes ao ser atingida pela arma da cura, Magneto a abandona friamente, revelando seu pragmatismo cruel. Magneto também recruta mutantes poderosos como Juggernaut e Arclight para fortalecer sua Irmandade.
O Conflito na Mansão Xavier
Jean desperta e, tomada pela Fênix, perde o controle. Em um confronto intenso dentro da Mansão, ela mata Charles Xavier, em uma das cenas mais dramáticas do filme. O choque de sua morte abala profundamente os X-Men e dá a Magneto a oportunidade de atrair Jean para o seu lado, prometendo ajudá-la a liberar todo o seu poder.
A Formação da Resistência
Sem Xavier, os X-Men ficam divididos, mas Wolverine, Tempestade, Homem de Gelo, Fera e outros decidem lutar para proteger tanto os humanos quanto os mutantes que desejam viver em paz. Enquanto isso, Magneto prepara seu ataque contra o centro de pesquisa onde a cura está sendo produzida, localizado na Ilha de Alcatraz.
A Batalha em Alcatraz
O clÃmax acontece quando Magneto e seu exército marcham contra as forças armadas humanas em Alcatraz. O governo responde com soldados armados com dardos que anulam poderes mutantes. A batalha explode: Fera mostra toda sua agilidade, Homem de Gelo enfrenta Pyro, e Wolverine se infiltra para deter Jean.
Num movimento decisivo, Magneto é atingido pela arma da cura por Fera, perdendo seus poderes. Sem seu lÃder, a Irmandade começa a desmoronar.
O SacrifÃcio de Wolverine
Mas o maior perigo ainda é a Fênix, que perde completamente o controle e começa a destruir tudo ao seu redor com uma onda de energia devastadora, colocando em risco mutantes e humanos. Apenas Wolverine é capaz de se aproximar dela, graças ao seu fator de cura que o protege temporariamente da desintegração.
Em uma cena emocional, Logan declara seu amor por Jean e, para libertá-la da dominação da Fênix, é forçado a matá-la com suas garras.
EpÃlogo: Consequências e Esperança
Após a batalha, a escola Xavier é reaberta, agora sob a liderança de Tempestade. Rogue, que havia tomado a cura, decide viver como humana, mas sua escolha gera debates entre os demais. Magneto, aparentemente enfraquecido e sem poderes, é mostrado em um parque, tentando mover uma peça de xadrez com a mente — e a peça dá um leve tremor, sugerindo que seus poderes talvez não tenham desaparecido por completo.